Harmonikkaliiton jäsenistö on laaja ja kaikkia jäseniä koskeva varsinainen liittokokous pidetään kolmen vuoden välein. Liittokokousten välisenä aikana liiton asioissa ylintä päätäntävaltaa käyttää 12-jäseninen liittovaltuusto, joka valitaan tehtävään kolmeksi vuodeksi kerrallaan.
Liittovaltuuston puheenjohtajana toimii Kirsi Jaakkola Lopelta ja varapuheenjohtajana Pasi Raukola Ulvilasta.
Liittovaltuuston kevätkokouksessa käsitellään edellisen vuoden toimintakertomus ja tilinpäätös. Syyskokouksen asioita ovat ennen muuta toimintasuunnitelman ja talousarvion hyväksyminen seuraavalle vuodelle. Syyskokouksessa päätetään myös seuraavan vuoden jäsenmaksujen suuruus.
Muodollisten ja sääntöjen edellyttämien asioiden lisäksi liittovaltuusto käy kokouksissaan tavallisesti laajaa keskustelua yleisemmin harmonikkamusiikkiin liittyvistä asioista. Liittovaltuuston jäsenet ovat eri puolilta Suomea, joten valtuustolla on laaja näkemys suomalaisesta harmonikkakulttuurista.
Valtuusto on koko jäsenistön edustaja liittokokousten välisen ajan. Hallitus puolestaan vastaa liiton toiminnasta valtuuston hyväksymien toimintasuunnitelmien pohjalta.
- Jaakkola Kirsi, Loppi (pj.) (Rosenqvist Jari, Mäntsälä)
- Raukola Pasi, Ulvila (varapj.) (Ukkonen Elina, Nousiainen)
- Helkiö Ari, Eura (Santala Marja-Liisa, Uusikaupunki)
- Hietala Tatu, Ranua
- Hänninen Niko, Kuopio (Korja Pekka, Kuopio)
- Laiho Taina, Turku (Taurén Mervi, Salo)
- Lehto Anita, Hämeenlinna (Pekkola Heli, Tampere)
- Ojala Joose, Helsinki (Ström Sini, Espoo)
- Pihkoluoma Jari, Rauma (Tarna Hannu, Ikaalinen)
- Ovaskainen Matti, Imatra
- Vilamaa Anu, Kouvola (Karlsson Tea, Kouvola)
- Wirén Visa, Jyväskylä (Huhtamäki Mikko, Lapua)
